К ПОДЗЕМНЫМ водам относятся грунтовые и артезианские. Грунтовые воды расположены в первом водоносном горизонте (слое) между поверхностью земли и первым водонепроницаемым слоем, а артезианские воды - между двумя или несколькими водонепроницаемыми слоями, расположенными на той или иной глубине. Артезианские воды находятся под большим давлением и могут фонтанировать или спокойно изливаться на поверхность. Они собираются в недрах земли с большой площади и образуют артезианский бассейн. На территории края есть несколько артезианских бассейнов, в том числе Чулымский, Рыбинский, Канский, Тунгусский и другие. Они образуются за счет атмосферных осадков, стока (фильтрации) из рек и озер, от конденсации водяных паров

Грунтовые воды образуются из атмосферных осадков. Поэтому их много в колодцах весной при таянии снега или после осенних дождей и мало в летний сухой период

В зависимости от содержания в подземных водах растворенных солей они могут быть пресными или солеными. Подземные воды хорошо защищены от поверхностных загрязнений, поэтому они используются практически во всех городах края. Суммарный водозабор этих вод в 1998 г. составил 4.69 км³; на 75.3% этот водоотбор осуществлялся из четвертичных водоносных горизонтов на городских инфильтрационных водозаборах (Красноярск, Минусинск, Канск, Дивногорск и др.). На 36% эти воды используются на хозяйственно-питьевые нужды. Только в единичных случаях использование подземных вод затруднено (города Игарка, Туруханск, Дивногорск, поселки Предивинск, Чечеул и др.). Остальные же города обеспечены разведанными и утвержденными запасами или прогнозными ресурсами

Однако подземные воды некоторых районов выше ПДК обогащены железом (Боготольский, Енисейский, Пировский, Рыбинский, Сухобузимский, Емельяновский р-ны), фтором (Балахтинский р-н), бензапиреном, что обусловлено присутствием угля в водоносных отложениях (Рыбинский р-н). Жители Красноярска периодически пьют воду с повышенным содержанием хлороформа и фенола