Из 300 видов птиц заповедника более 170 гнездятся на его территории.
Леса заповедника населяют более 100 видов птиц.
Среди фоновых видов преобладают представители сибирской таежной фауны:
буроголовая гаичка, пеночка-зарничка,
обыкновенный поползень, малая, сибирская (касатка) и таежная мухоловки,
синий соловей, соловей-свистун,
кедровка,
глухая кукушка, обыкновенный глухарь,
рябчик, длиннохвостая неясыть.
Немало и европейских видов: славка-завирушка, пеночка-теньковка, обыкновенная горихвостка, певчий дрозд,
зяблик

Глухарь
|
Глухарь обычен в кедровниках, рябчик – в смешанных лесах со значительным участием
лиственных пород.
В разреженных лиственничных лесах, чередующихся с остепненными полянами,
обычны тетерева. Такие места особенно
характерны для центрального и южного участков долины Енисея, рек Большие и Малые Уры.
На токах собирается по нескольку
десятков косачей. Зимой нередки стаи до сотни птиц
Недавно включенный в Красную книгу России
филин относительно обычен в лесных участках долины Енисея,
причем среди его жертв регулярно отмечается соболь. Заметно увеличивается
в Западном Саяне численность длиннохвостой неясыти.
Бородатая неясыть, ястребиная сова,
воробьиный сыч в заповеднике и прилежащих территориях редки,
обычнее в тайге мохноногий сыч. В разреженных болотистых участках,
чаще у верхней границы леса, встречается болотная сова.
Гнездование ушастой совы обнаружено в верховьях реки Санзу, на Хемчикском хребте
и лишь однажды в долине Енисея (у кордона Базага). В долинных лесах обычна сплюшка.
Ее голос в прибрежной лесной полосе центрального (лесостепного) отрезка Енисея можно слышать
по ночам через каждые двести метров или даже чаще

Ушастая сова
|
Своеобразна фауна птиц горно-степного долинного ландшафта,
хорошо выраженного в долине Енисея, южнее устья Уса, а также по долине р. Большие Уры.
Среди гнездящихся здесь птиц (более 40 видов) преобладают южнопалеарктические виды.
Многочисленна каменка-плешанка, плотность гнездования которой достигает 100 пар на 1 км2
(окрестности кордона Шугур). По всей долине Енисея, вплоть до устья Тепселя на севере,
много колоний городской ласточки. Скальная ласточка в этих же местах встречается отдельными парами.
Небольшими колониями гнездится скалистый голубь. В горно-степных биотопах с участками кустарниковой
и древесной растительности обычны горихвостка-чернушка, пестрый каменный дрозд, обыкновенный козодой,
красноухая овсянка и овсянка Годлевского. В долине Енисея южнее реки Узунсук гнездится клушица,
а у нижних границ заповедника – даурская галка
Типичным обитателем каменистых степей является бородатая (даурская) куропатка.
Особенно многочисленна она была на пологих склонах долины Енисея от р. Малые Уры до р. Сарлы,
т. е. в местах, затопленных теперь водохранилищем. Ныне она довольно обычна в долине р. Большие Уры
Ценным видом птиц заповедника следует считать алтайского улара,
который был ранее включен в Красную книгу РСФСР (1984)
Саяно-Шушенский заповедник отличается видовым разнообразием и относительным обилием дневных хищных птиц, среди которых немало редких видов, включенных в Красную книгу России. Один из них – степная пустельга – может быть назван многочисленным; она гнездится по Енисею (до 6–7 особей на 1 км2) от южных границ заповедника до устья Уса, севернее встречается до впадения р. Таловки. Высокая ее численность объясняется обилием удобных для гнездования скал и массой прямокрылых насекомых – основного корма этого вида. На стационаре “Узунсук” летом (еще до вылета молодых) можно было наблюдать до 30 и более одновременно охотящихся птиц.
О гнездовании беркута в долине Енисея известно еще по работам
на биологической станции
“Каракем” в 1920–1930ых годах (Белоусов, 1934). И сейчас беркут на Енисее обычен.
Постоянные гнездовые участки есть у
устья рек Караджерем, Шигнота, Узунсук, Аданарт, Малые и Большие Уры, Хемтерек, Урбун, Малый Шугур.
Численность этого
орла в заповеднике, по-видимому, существенно не сокращалась ввиду обилия кормов.
Затопление части енисейской долины незначительно повлияло на численность беркутов.
Известны были случаи их гнездования вблизи воды и проплывающих катеров.
Сказывается продолжающийся их отстрел, гибель в капканах и петлях (вне заповедника)

Oрлан-белохвост
|
Из более редких орлов можно отметить орлана-белохвоста
и большого подорлика (на пролете), долгохвоста и степного орла (залет).
К очень редким залетным видам можно отнести бородача
и черного грифа
В таежной части Енисейского каньона обычна скопа.
До затопления в заповеднике были известны три ее многолетних гнездовых участка в устьях рек
Антропка, Казырсук и Голая, а в пределах всей затопленной долины Енисея и его крупных притоков
имелось не менее 20 пар. При создании водохранилища скопа постепенно перемещалась
из затопляемых мест вверх по рекам. В 1986 г. в заповеднике найдено 9 жилых гнезд
(по всему водохранилищу их было 13–15). Такая картина в целом сохраняется
Из крупных “краснокнижных” соколов не представляет редкости в заповеднике
сапсан, гнездящийся на всем протяжении Енисейского каньона.
В заповеднике известны четыре гнездовых участка южнее впадения реки Ус (65 км),
а ниже Уса по течению (85 км) вероятно гнездящиеся пары отмечены в устьях рек Мадарлык, Тепсель,
Антропка. Ниже заповедника на протяжении 90 км водохранилища сапсан регулярно встречается
на Пашкинском и Кантегирском плесах. Изменений распространения и численности при затоплении
не отмечено

Cокол-сапсан
|
К обычным видам можно отнести и балобана.
На 55 км русла Енисея южнее Узунсука известно пять гнезд балобана, гнездится он и по притокам
(реки Урбун, Б. и М. Уры). В районе устья последней есть многолетнее гнездо балобана в старом гнезде
беркута на уступе скалы. Судя по кормовым остаткам у гнезда, основу рациона балобанов составляли птицы
(шилохвость, чибис, улар, тундряная куропатка, ворона, кедровка, мелкие воробьиные).
Два участка балобанов имеются в районе устья Хемчика. В одном из наблюдаемых гнезд пищу
у птенцов балобана регулярно отбирал ястреб-тетеревятник, дежуривший в засаде у соколиного гнезда
Среди более обычных хищных птиц для заповедника характерны обыкновенная пустельга, канюк,
в питании которого большое место занимают пресмыкающиеся, в частности, змеи.
Черный коршун и чеглок были многочисленными в пойменных лесах,
которые теперь затоплены. Иногда мелкие сокола занимают старые гнезда беркута в скалах.
Степной лунь до затопления отмечался на степных участках в районе устья р. Ус,
но позднее не регистрировался. Не представляют редкости два вида ястребов – тетеревятник
и перепелятник (малый перепелятник встречен лишь однажды). Более редки
хохлатый осоед и мохноногий курганник.
В целом же население дневных хищных птиц выделяется разнообразием
К очень редким птицам заповедника относится черный аист.
Его чаще встречали до затопления на участках, близких к заповеднику (в Туве, у Пашкиной речки,
по рекам Кантегир и Джой). После заполнения водохранилища этот аист на гнездовье вдоль Енисея
не обнаружен, хотя летом и встречаются одиночные птицы
Журавль-красавка также регулярно отмечался на гнездовье у южных границ
заповедника, но сейчас регистрируется лишь на пролете
В высокогорной части заповедника гнездится около 20 видов птиц. В большинстве биотопов
от верхней границы леса до лишайниковых тундр доминирует горный конек. Гималайская завирушка
и сибирский вьюрок многочисленны в местах с обилием россыпей, в первую очередь на Саянском хребте.
Гималайский вьюрок, альпийская и бледная завирушки, горная чечетка,
большая чечевица, горный дупель чаще встречаются в мозаичной полосе редколесий,
субальпийских лугов и ерниковых зарослей

Белая куропатка
|
Тундряная куропатка и хрустан
– типичные обитатели лишайниковых щебнистых тундр. На ровных обширных водоразделах
отрогов Саянского хребта и на Хемчикском хребте это практически единственные гнездящиеся птицы.
Белая куропатка в заповеднике редка и предпочитает
заболоченные ерниковые участки. Изредка в скалистых цирках Саянского хребта встречается
стенолаз
Вдоль рек гнездятся перевозчик, горная и маскированная трясогузки, оляпка,
большой крохаль. У лесных озер (по р. Отуксук, в верховьях р. Малые Уры) гнездится горбоносый
турпан, довольно обычен черныш. Очень редки на гнездовье гуменник и гоголь